В середине 1990-х годов журналист начал новую карьеру в телевидении и стал ведущим программы «Пресс-клуб». В период с 1990 по 1992 год он также вел передачу «Суд идет» на НТВ.
Его труд приносил результаты, и в 2004 году он вступил в Российское объединение демократической партии «Яблоко». В то же время он также создал комитет «2008: Свободный выбор», но спустя год покинул его из-за разочарования.
В 2005 году Муратов попытался возродить журнал «Крокодил», но несмотря на усилия, издание не смогло выжить и прекратило своё существование через три года.
В 2017-м Муратов ушел с поста главного редактора «Новой газеты», однако в 2019-м он снова принял это высокое звание.
В 2018-ом году Николай Солодников, создатель шоу «Ещенепознер», проводит интервью с Муратовым, во время которого Дмитрий рассказывает о Анне Политковской и об убийствах журналистов, совершенных в Чечне.
В сентябре 2021 года Дмитрий был приглашен в качестве гостя в программу «Особое мнение». Эфир проходил на радиостанции «Эхо Москвы». Вместе с Ириной Воробьевой, Дмитрий обсуждал политическую обстановку в России. Через несколько дней, 29 сентября, он опубликовал авторскую колонку, поддерживая своего коллегу Алексея Венедиктова, который работал на той же радиостанции. В статье Дмитрий выразил свое недоумение по поводу возможности голосовать за «сталинистов» из КПРФ и поддерживать их стремление к власти.
Звание лауреата Нобелевской премии мира за «усилия по сохранению свободы мысли как непременного условия для демократии и мира» приносит особую известность главному редактору Дмитрию Муратову. 8 октября 2021 года на страницах «Новой газеты» стало известно, что он разделил свою награду с филиппинской журналисткой Марией Реса.
Известный журналист, празднуя свою победу, выразил благодарность своим коллегам: Анне Политковской, Анастасии Бабуровой, Наталье Эстемировой, Юрию Щекочихину, Игорю Домникову и Станиславу Маркелову, которые работали вместе с ним в Чечне.
Сразу после получения премии Дмитрий Муратов перевел 1,14 млн. долларов в благотворительный фонд «Круг добра». Этот фонд занимается помощью детям, страдающим редкими врожденными заболеваниями. Президент России, Владимир Путин, поддержал это решение журналиста. Дмитрий Муратов также получил похвалу от пресс-секретаря РФ, Дмитрия Пескова, который отметил, что главный редактор придерживается своих убеждений и честно следует за ними. Премия, полученная Муратовым, является высокой оценкой его труда и полностью заслужена.
Весной Дмитрий объединяется со своими коллегами из газеты «Новая газета» и выставляет Нобелевскую медаль на продажу, чтобы помочь беженцам из Украины.
Уже в июне этого года медаль была продана на аукционе в США за 103,5 миллиона долларов.
Мало что известно о частной жизни журналиста. Главный редактор не ведет аккаунты в социальных сетях и не делится персональными фотографиями с поклонниками. В то же время, известно, что Дмитрий Муратов счастливый семьянин, но он тщательно скрывает это от прессы и своих коллег. В официальном браке журналист не состоит. У него есть гражданская жена Ирина Столярова. У неофициальной пары родилось трое замечательных детей, Ксения, Анна и Дмитрий. А младший брат и сестра стали студентами МГУ. И смогли реализоваться как разработчики игровых проектов. Дмитрий Муратов младший работает в московской студии Enplex Games в качестве PR-директора.
Известно также, что средняя дочь Муратова продолжает свое образование за границей. Она учится в колледже наук и искусств. Анна — единственная, кто последовала за своим отцом. Унаследовав его журналистский талант, она теперь заместитель главного редактора в издании Washington Square News.
Весной 2022 года Дмитрий Муратов решил взять интервью у президента Украины, несмотря на большие риски, и опубликовать его в выпуске «Новой газеты». Это действие привело к предупреждению от Роскомнадзора, который предупредил редакцию о возможных судебных разбирательствах. В дальнейшем газета была замечена в новых нарушениях издательской деятельности, что привело к судебным вмешательствам и подвергло ее неизвестности.
Для избежания официальных разбирательств редакция официально объявила, что прекращает свою деятельность. Один из редакторов «Новой газеты», Кирилл Мартынов, заявил о планах создания нового издания. Однако название будет изменено. Сотрудники также упоминали о запуске независимого проекта, а не филиала. Планировалось освещать мировые новости на различных языках в рамках нового проекта.
Во время поездки Муратова из Москвы в Самару произошел неприятный инцидент. Нападение в вагоне поезда закончилось плесканием его красной масляной краской. Главный редактор поделился этой информацией в своем телеграмм-канале и также упомянул о необходимости госпитализации из-за вредного запаха ацетона. Полиция уже задержала одного из двух неизвестных нападавших на следующий день. Беспокойства Муратова оказались обоснованными, врачи подтвердили ожог глаз, хотя зрение журналиста не пострадало.