Еще при жизни этот христианский ученый стал признанным гением ораторского искусства и лучшим литературным теоретиком. Современные критики отмечают, что его произведения «Риторика» и «Поэтика» являются представителями настоящего писательского мастерства. Последнее произведение было опубликовано только в 1786 году, после смерти автора на несколько десятилетий. «Риторику» издали гораздо позже – в 1982 году. Оригинальные тексты обеих работ написаны на латинском языке и объединяют самые знаменитые лекции Феофана, прочитанные им во время преподавательской деятельности в Киево-Могилянской академии.
По указу Петра I в 1711 году талантливый богослов был назначен игуменом Братского монастыря в Киеве. На этой должности Феофан продолжил писательскую деятельность и выступления с проповедями на важные обществу темы. Его произведения и выступления отличал живой язык, остроумие и стремление к критической оценке любой ситуации. Будучи сторонником европейских взглядов, игумен противился схоластическим методам и католицизму. Ученый особенно уважал труды Рене Декарта и Френсиса Бейкона, которых он познакомился еще в молодости.
Популярность Прокоповича стремительно возрастала, и в 1716 году Петр I пригласил его в Петербург. Изначально государь назначил Феофана своим советником, задачей которого было толкование иностранных книг и их перевод на русский язык. В это время писатель написал «Духовный регламент», также участвовал в разработке нескольких государственных документов, включая «Морской устав». Через четыре года выдающемуся ученому было дано звание архиепископа. В 1721 году философ занял должность вице-президента Священного Синода. Император был очень привязан к своему талантливому советнику, и благодаря этому тот получал значительные материальные награды.
После смерти Петра I Феофан Прокопович остался на дворе, присоединившись к сторонникам Екатерины. Прокопович был полностью преданным императрице, поддерживая её в любых вопросах. Всего через несколько месяцев ему было предоставлено звание архиепископа Новгородского. Быстрый карьерный рост ученого вызывал злобу у коллег, и поэтому он постоянно приходилось бороться с завистливыми соперниками.
С течением времени давление со стороны врагов стало все более сильным, и Феофан был вынужден пересмотреть свое отношение к ситуации. Вопреки своей прежней страсти к пропаганде и науке, он больше не так активно защищал свои политические убеждения. Однажды борец с неподатливыми мнениями, он превратился в одобрителя существующего порядка вещей и забыл о своих собственных идеалах.
Феофан Прокопович ушел из жизни 8 сентября 1736 года, покинув нас на своем Карповском подворье в Московском княжестве. Его тело перевезли в Новгород и похоронили на территории Софийского собора, рядом с мощами митрополита Новгородского Иова.