В 1879 году Эрнест начал своё обучение в Художественном колледже Онтарио, где изучал теорию пропорций, композицию и цветоведение. В 1880 году он был принят студентом Королевской академии в Лондоне, где даже получил стипендию. После того, как он стал известен, продолжил развивать свой талант в парижской Академии Жюлиана.
В 1891 году вышла первая книга Эрнеста Сетона-Томпсона под названием «Птицы Манитобы», после чего он получил должность натуралиста в провинции Манитоба. В течение следующих десяти лет он изучал местную природу и писал о ней книги.
Библиография Сетона-Томпсона включает в себя восемьдесят книг о животных, включая научные труды, детские сказки и фантастику. Самым известным произведением натуралиста считается цикл «Дикие животные, которых я знаю» 1898 года, с главным персонажем — волком Лобо.
Лобо — это не выдуманный персонаж, а реальный волк, который обитал в Нью-Мексико в 19 веке. Он пугал местных жителей, нападал на скот и уклонялся от пуль охотников. Лобо и его стая отличались от других волков: они охотились на крепких и жирных животных, в то время как остальные волки выбирали немощных и больных жертв.
Отчаявшиеся пастухи Нью-Мексико обещали охотнику награду за уничтожение Лобо, предлагая за его жизнь тысячу долларов. Эрнест заинтересовался этим предложением и в течение четырех месяцев преследовал волка, пока не обнаружил его слабое место — волчицу по имени Бланка.
История о том, как Сетон-Томпсон смог поймать умного волка, получила отражение в рассказе под названием «Лобо, король Куррампо», который вошел в серию «Дикие животные, которых я знаю».
Среди наиболее известных работ Эрнеста можно выделить «Маленькие дикари» 1903 года, «Рольф в лесах» 1911 года, «Легенда о белом олене» 1915 года, и «Животные, которых стоит знать» 1928 года. Все они посвящены диким животным, ставшим основными персонажами повествований.
Во время создания своих книг, Томпсон показал еще один свой талант — художественный. Все его произведения украшены собственными иллюстрациями. Сначала они были черно-белыми, но со временем появились и цветные рисунки.
Эрнест начал самостоятельную жизнь довольно молодым и привык руководить своей судьбой. Ему наскучило находиться на одном месте, поэтому после десятилетнего пребывания у брата он покидает Манитобу и переезжает в Санта-Фе, в штате Нью-Мексико. Позже он перебирается в Нью-Йорк. Эрнесту понравилась жизнь в Америке, он даже купил собственное жилье в Коннектикуте и построил собственное поместье недалеко от Гринуича. В 1931 году он получил американское гражданство.
Сэтон-Томпсон увлекался не только животными, но и природой в целом. Он написал книги о выживании в дикой природе, о правилах постройки избушки и многие другие. Одна из его книг сильно заинтересовала Роберта Бейден-Пауэлла, который позднее стал основателем движения скаутов по всему миру. И вот скоро они встретились.
Сетон-Томпсон создал систему воспитания под названием «Пионеринг», которая предполагала организацию игр и быта на природе. Эта система была названа в честь романа Фенимора Купера «Пионеры», главными героями которого были первые переселенцы в Северной Америке. Понятие пионеринга или первопроходчества включает в себя маскировку, выживание в дикой природе, походы, тактические игры, строительство навесов и переправу.
Движение следопытов Северной Америки было основано и руководимо Сетон-Томпсоном, основываясь на традициях и обычаях индейцев. В 1900 году поместье писателя неоднократно подвергалось нападениям неугомонных мальчишек, и чтобы защитить свою собственность, Эрнест разработал программу по игровому воспитанию на природе. В период с 1902 по 1906 год в прессе появились статьи о данном движении, и вскоре из него выросла общенациональная американская организация, которой руководил Сетон-Томпсон. Он также опубликовал руководство по играм под названием «Берестяной свиток». Организация получила название «Лига лесных умельцев». В 1906 году Эрнест посетил Англию, где встретился с генералом Баден-Пауэлом и передал ему материалы, которые помогли организовать аналогичную группировку в Англии.
Под влиянием своего нового друга Эрнест возглавил американское скаутское движение и стал лидером организации «Woodcraft Indians». Он организовывал походы по американским лесам, знакомил юных скаутов не только с правилами выживания, но и с жизнью и обычаями индейцев. Культура коренных американцев была для него так же интересна, как и животные. Существуют фотографии, где Томпсон изображен в национальных атрибутах индейцев, которые до сих пор существуют.
Множество работ Эрнеста вошли в сборник произведений о скаутинге — «Бойскауты Америки: официальный справочник, составленный с генералом Баденом-Пауэллом» 1910 года, а также «Руководство Woodcraft Indians» 1915 года. Он понимал различия в физических возможностях девочек и мальчиков, поэтому выпускал для них разные учебники и научные пособия.
Эрнест Сетон-Томпсон всегда пользовался женским вниманием. Первую серьезную любовь писатель испытал к Грейс Галлатин, за которую он и женился в 1896 году. В 1904 году у пары появилась дочь по имени Энн, которую больше знают как Аня Ситон, успешная писательница. В 1935 году супруги развелись, причины их расставания остались неизвестны.
Вскоре Эрнест нашел новую любовь в лице Джулии Мосс Баттри, также литературно одаренной женщины. Она не только творила свои произведения, но и помогала мужу в создании рассказов о животных.
Этот брак остался бездетным, но супруги заботились о своей племяннице по имени Лейла Моос. Девочка прожила у них долгое время, и хотя они пытались усыновить ее, этот план так и не осуществился. Однако в 1938 году новая попытка усыновления увенчалась успехом. В их семье появилась маленькая Бьюла, которую все домашние звали Ди. С годами девушка стала известной, она работала рукодельницей в синагоге. Ее имя было Ди Сетон-Барбер. В 1972 году она встретилась с советскими журналистами Борисом Стрельниковым и Василием Песковым. Эта встреча нашла свое отражение в книге под названием «Земля за океаном». В 1990 году умерла родная дочь писателя, а Ди Сетон-Барбер ушла из жизни в 2006 году.
Известный автор и знаток животного мира прожил полноценную жизнь в течение 86 лет. Его сердце перестало биться 23 октября 1946 года в Нью-Мексико. Эрнест Сетон-Томпсон умер от старости и болезней. В соответствии с его завещанием, его тело было кремировано, и его прах хранился на протяжении четырнадцати лет в его родовом поместье Seton Village.
В 1960 году, через сто лет после его рождения, прах был развеян с самолета над поместьем Эрнеста. Это сделали его приемная дочь и родной внук Сетон Коттье, сын Ани.