В 1997 году исследователи привели мужчину в урочище Сандармох, расположенное под Медвежьегорском. Вскоре подобные захоронения были обнаружены на кладбище Беломорканала, в Красном бору рядом с Петрозаводском и на Соловецких островах.
Сведения о захоронениях стали известны мировому сообществу. В ходе исследований было выявлено, что среди расстрелянных было много иностранцев. Позже на месте обнаружения захоронений были установлены мемориалы, а на этих территориях начали проводиться экскурсии. Дмитриев настоял на том, чтобы 5 августа (день начала Большого террора) стали проводиться дни памяти.
В 1999 году была опубликована первая книга Дмитриева под названием «Место расстрела — Сандармох». В этой книге Юрий Алексеевич рассказал о судьбе убитых соловецких арестантов, а также включил в издание воспоминания родственников погибших.
В 2016 году была представлена новая теория о личности тех, кто был похоронен в урочище. В соответствии с этой версией, погибшими могли быть не жертвы репрессий, а советские солдаты, убитые финнами.
Дмитриев потребовал предоставить доказательства новой теории, однако оппоненты не смогли подтвердить свою версию точными фактами. Тем не менее, в 2018 году в Сандармохе Российским военно-историческим обществом были проведены новые раскопки. Участники раскопок заявили, что найдены останки советских солдат, а также гильзы от финского вооружения.
Дмитриев в один раз сказал своей старшей дочери, что вскоре за ним могут приехать на «черный воронок». Юрий Алексеевич получал угрозы с требованием прекратить свою исследовательскую работу. Однако мужчина отказывался выполнять указания врагов. Он был уверен, что в его доме установлена прослушка.
В 2016 году зимой исследовательские предположения были подтверждены: оперативная группа приехала к нему. Проверка была вызвана анонимным заявлением. В качестве улик были представлены 9 фотографий с изображениями обнаженной дочери ученого. Одно из этих фото было приложено к анонимному заявлению.
Журналисты назвали фотографии девочки шокирующими. Приемный отец делал эти снимки в течение нескольких лет, чтобы показать их сотрудникам службы опеки. Ранее в семье Дмитриевых произошел скандал: в детском саду, куда ходила Наташа, девочку отправили на освидетельствование со следами синяков. Экспертиза показала, что синяки появились после применения горчичников.
Очень мало было улик в деле, и решение суда было далеко от профессионального. Процесс затягивался на долгое время. Летом 2017 года правозащитники привлекли экспертов, которые подтвердили, что у Дмитриева отсутствуют психосексуальные расстройства. Независимая экспертиза также заключила, что фотографии не являются порнографическими. Более того, следствием не было доказано распространение этих изображений.
Зимой 2018 года Юрий был выпущен под подписку о невыезде. Весной того же года против него были сняты обвинения в создании порнографических материалов, однако обвинение в хранении оружия осталось. Дмитриев должен был отбывать наказание в течение трех месяцев при условии учета времени, проведенного под следствием.
Спустя некоторое время суд аннулировал прежний оправдательный приговор. По инициативе бабушки Наташи было проведено новое расследование. Дмитриев снова был арестован – он нарушил запрет на покидание места жительства. Оказывается, мужчина выехал из города на местное кладбище, что стало основанием для обвинения в попытке бегства.
У Юрия Дмитриева было два брака в его личной жизни. Во время первого брака у него появились дочь Екатерина и сын Егор. Во втором браке он занимался воспитанием своей приемной дочери Наталии. Но второй брак краеведа скоро закончился разводом.
После разводов Юрий Алексеевич решил не вступать в законный брак. После разрыва с последней официальной супругой он какое-то время прожил с гражданской женой по имени Ирина.
У Дмитриева имеются внуки – Софья и Данил.
Юрий Алексеевич, как бывший воспитанник детского дома, решил усыновить приемного малыша. В 2008 году он взял девочку из деревенского детского дома, где работала бабушка ребенка.
В течение некоторого времени родственники поддерживали контакт с девочкой. Мать девочки лишилась родительских прав, у нее есть еще четверо детей, которые также живут у новых родителей. После ареста Дмитриева Наташу вернули к биологическим родственникам.
Творчество Юрия Дмитриева не угасает. В 2020 году автор выпустил вторую книгу, посвященную мемориалу жертв политических репрессий. В неё вошли рассказы об убитых, очерки и фотографии, а также гипотезы о местах захоронения.
Летом 2020 года мужчина был обвинен в сексуальных домогательствах, однако не был признан виновным в остальных случаях. Суд вынес приговор о тюремном заключении на 3,5 года. Мужчина по-прежнему отрицал свою вину.
Осенью 2020 года вердикт суда был отменен, и новый приговор был вынесен — 13 лет в колонии строгого режима. Поддержатели писателя планируют обратиться в Европейский суд по правам человека и подать апелляцию в суд Петербурга.