По возвращении из своего первого путешествия в Индию, Васко да Гама вернулся в Португалию в сентябре 1499 года. Многие члены его команды не дожили до этого момента из-за болезни цинга. В Португалии его считали героем и он был награжден. Его назначили доном и адмиралом Индийского океана, а король предоставил ему пожизненную пенсию в 1000 крузаду. Однако Васко мечтал стать городским сеньором, но этот титул он смог получить только после выхода из Ордена Сантьяго. После этого мореплаватель присоединился к членам конкурирующего Ордена Христа. Но даже этого сеньорство Васко не удовлетворило, и ему захотелось стать графом.
После возвращения из Индии Васко получил славу, признание и почет, но он всегда хотел еще большего. В это время он вступил в брак с Катариной ди Атаиде, и у них родилось шестеро сыновей и одна дочь.
Уже в 1499 году да Гама отправился в своё следующее плавание, на этот раз на 20 кораблях. Во время путешествия было убито много мусульман, Васко делал это для укрепления своей власти. Экспедиция вернулась в октябре 1503 года с хорошими новостями: Мануэль I увеличил пенсию мореплавателю, семья да Гамы жила на уровне королей. Но графский титул всё ещё казался недостижимым для путешественника.
За время своей жизни Васко да Гама трижды побывал в Индии. Последнее плавание произошло в 1502 году. Целью короля было укрепление португальского правления, что привело к уничтожению нескольких сотен мусульман. Сам Васко да Гама сжёг несколько кораблей, на которых находились паломники. В городе Калькутте португальская армия разгромила порт, при этом были убиты почти 40 заложников.
В 1519 году мореплаватель был награжден графским титулом, который он добился благодаря шантажу. Васко написал королю письмо, в котором угрожал покинуть Португалию. И поскольку король не мог позволить себе потерять такого мореплавателя, Мануэль I повел себя дипломатично, удовлетворив желания путешественника.
24 декабря 1524 года Васко да Гама скончался в Кочине, небольшом городе в Индии, во время своей экспедиции из-за внезапной болезни. Его останки были доставлены в Португалию, где мореплаватель был похоронен в церкви Кинта-ду-Карму. В 1880 году прах Васко был перенесен в Монастырь иеронимитов в Лиссабоне.