По слухам, Квачков был связан с подрывом лидера чеченских боевиков Шамиля Басаева в 2000 году. Ему был назначен маршрут движения террориста, который был заминирован.
После завершения первого уголовного расследования за покушение на Чубайса, Владимир начал заниматься политикой. Он активно пропагандировал национализм и христианство, выступая за русское православное общество. Несмотря на свою религиозную приверженность, Квачков неохотно относился к Кириллу Гундяеву, Московскому патриарху, и называл его «митрополит Содомский и Гоморрский». Он считал, что такая церковная должность свидетельствует о разложении патриархии. Также у Квачкова было негативное мнение о действующей власти.
В последние дни ноября 2010 года, Владимир и Союз десантников России обратились к тогдашнему президенту Медведеву с требованием отстранить министра обороны Анатолия Сердюкова. Квачков заявил журналистам, что он считает Сердюкова «пешкой», а Путин и Медведев — предателями, проводящими военную реформу, которая должна была привести к сокращению военных и медицинских учреждений.
В 2005 году Квачков решил баллотироваться в Госдуму, несмотря на то, что находился под следствием по обвинению в организации покушения на Чубайса. На праймериз он проиграл полковнику ФСБ в отставке Сергею Шарину, получив всего 7% голосов.
В конце зимы 2006 года попытка Квачкова пройти в депутаты Госдумы была отклонена из-за неполного перечня документов. То же самое случилось спустя три года, когда он пытался стать депутатом Мосгордумы.
В тот момент Квачков, Юрий Екишев и Максим Калашников создали общественную организацию «Народное ополчение им. Минина и Пожарского», что привело к заключению полковника под стражу. Организации открылись в 35 регионах, но в 2015 году ее признали террористической.
Первый раз Квачков был подозреваем в 2015 году, когда произошло покушение на Чубайса 17 марта того года. Автомобиль политика был подорван, и его охрана подверглась обстрелу. Кроме Владимира, подозревались также Александр Найденов и Роберт Яшин, которые также были военными и уже ушли в отставку.
Экс-полковник отрицал свою причастность к теракту, считая его первой вооруженной акцией национально-освободительной войны. В 2008 году областной столичный суд оправдал подозреваемых, не нашедши доказательств их вины.
После того, как обвинения против Квачкова были сняты, он во время интервью с журналистами радиостанции «Эхо Москвы» был назван «национальным изменником и предателем». Он также выразил свое мнение о том, что его страну оккупировали представители еврейской мафии, которые являются основой для других преступных группировок. Эти высказывания были признаны экстремистскими, что привело к тому, что Верховный суд России отменил оправдательный приговор предыдущей судебной инстанции и дело было направлено на повторное рассмотрение.
Однако летом 2010 года областной суд принял решение о невиновности троих экс-военнослужащих в покушении. За время судебных разбирательств Квачкову удалось взыскать с Минфина 450 тысяч рублей, хотя он ожидал получить 50 миллионов.
В конечном итоге, Квачков провел на свободе примерно сутки. Уже 23 декабря 2010 года он оказался в Лефортовском суде Москвы, где ему предъявили обвинения в мятеже и терроризме. Позже мужчина заявил, что обвинения были выдуманы, и Чубайс в этом не остался в стороне.
Владимира обвинили спецслужбы в том, что он задумал захватить власть в столице. ФСБ полагалась на показания Петра Галкина, руководителя тольяттинского отделения «Народного ополчения им. Минина и Пожарского». Он сообщил, что некоторые военные сокращенные из российских городов объединяются в банды по указанию Квачкова. Эти люди должны были разоружить воинские части и отправиться организованной колонной в столицу.
В середине февраля Мосгорсуд приговорил Квачкова к 13 годам, которые он должен был отбывать в колонии строгого режима. Верховный суд РФ удовлетворил апелляцию, уменьшив срок до 8 лет.
Татьяна Фёдоровна, мать Владимира Квачкова, и его супруга Надежда Михайловна сыграли важную роль в поддержке его во время судебных разбирательств, обысков и арестов.
Отставной военный вместе со своей женой воспитывает четверых детей. Его старший сын Александр также попал под подозрение по делу Чубайса, в связи с чем исчез в день ареста Владимира и с тех пор находится в розыске. Кроме него, в семье есть его брат Кирилл и сестры Анна и Елена.
До 2005 года личная жизнь пары развивалась спокойно, но потом всё изменилось. Владимир получил поддержку от своих коллег, которые искренне верили в его невиновность.
За свою карьеру Квачков неоднократно был удостоен различных наград. У него есть два ордена Мужества, по одному ордену Дружбы народов и Красной Звезды. Кроме того, ему были вручены следующие медали:
В феврале 2019 года бывший полковник ГРУ вышел на свободу благодаря изменению статьи 282 УК РФ. Судя по фотографиям, все собравшиеся перед тюрьмой были рады его освобождению, их было много.
Юрист, который работал с Владимиром Васильевичем, заявил журналистам, что после выхода из тюрьмы он выглядел хорошо и сразу же переоделся в форму полковника, соблюдая все правила.
Владимир заявил, что он не планирует противозаконных действий и намерен посвятить себя «воцерковлению русского народа». Кроме того, Квачков планирует защитить докторскую диссертацию на тему «Общая теория специальных операций вооруженных сил», которая остается актуальной и в наше время.